일제가 광무황제를 강제 퇴위시키고 대한제국 군대를 해산시키면서 의병의 대일항전은 더욱 격화되었다. 이즈음 양평의병은 권득수ㆍ조인환 의병장의 지휘 아래 용문산의 상원사를 비롯하여 용문사, 사나사를 근거지로 삼아 활동하였다.
양평의병이 활발하게 항일전을 전개하자, 일제는 의병을 탄압하기 위해 군대를 파견하였다. 1907년 8월 24일 양평의병은 일본군 보병 제52연대 제9중대가 용문사를 습격해오자 상원사로 후퇴하여 항쟁하였다. 이때 상원사는 일본군에 의해 소실되었다가 이후 여러 차례에 걸쳐 복원되었다.

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상원사계곡 상원사정면 상원사주변